Jede Krebsart, jeder Tumor ist einzigartig und verschieden ausgeprägt. Die passende Therapie muss daher individuell geplant werden. Die vier Säulen der Krebstherapie sind Operation, Strahlentherapie, Chemotherapie und Hormontherapie. Für eine Therapie wird meist eine Kombination der verschiedenen Behandlungsformen angewandt.
Mit der herkömmlichen Strahlentherapie (Gammastrahlen, Röntgenstrahlung, Elektronenstrahlung) wird die höchste Dosis etwa drei Zentimeter unterhalb der Haut im Körper erreicht. Die Ionentherapie hingegen dringt mit einer niedrigen Eingangsdosis durch das gesunde Gewebe, erzielt die höchste Dosiswirksamkeit erst im Tumor und weist hinter dem Tumor eine äußerst geringe Dosis auf. D.h., die Strahlendosis wird gezielt auf den Tumor gebündelt. Dies schont das gesunde Gewebe und verringert dadurch Nebenwirkungen. Die Ionentherapie ist besonders für Tumore in der Nähe von strahlenempfindlichen Organen geeignet, wie zum Beispiel Gehirn und Rückenmark, Augen, Leber und Lunge die optimale Behandlung.
Der Bestrahlungsplan selbst wird in enger Zusammenarbeit mit den Medizinphysikern von MedAustron erstellt. Diese sind weiters auch für Messungen der angewendeten Stahlendosen und für die Qualitätssicherung verantwortlich.
Die Behandlung mit Protonen oder Kohlenstoffionen dauert einige Wochen und ist ambulant möglich. Die Patienten wohnen für diese Zeit in der Regel zu Hause oder in umliegenden Einrichtungen.
Derzeit befindet sich das MedAustron Zentrum für Ionentherapie und Forschung in der Bauphase. Schon ab 2013 startet der Testbetrieb und ab 2015 die ersten Behandlungen. Im Vollbetrieb können etwa 1.400 Patienten pro Jahr behandelt werden.


