Es bestehen Kooperationen mit österreichischen Krankenhäusern und Medizin-Universitäten, wie Salzburg und Wien. Kooperationen mit weiteren Institutionen sind in Verhandlung. Neben der wissenschaftlichen Kooperation ist ein Schwerpunkt der Zusammenarbeit die Ausbildung von Ärzten und Medizinphysikern.
Fachärztinnen und Fachärzte für Strahlentherapie und Radioonkologie sowie Medizinphysikerinnen und Medizinphysiker werden bei den Kooperationspartnern ausgebildet und wechseln anschließend in das Zentrum für Ionentherapie und Forschung MedAustron nach Wiener Neustadt. Diese Ausbildung, die auch eine Weiterbildung in Ionentherapie inkludiert, wird von MedAustron finanziert.
